마약조직?에 위장 투입된 경찰 진영인(양조위)과 경찰에 위장 투입된 조직원 유건명(유덕화)을 중심으로 펼쳐지는 이야기.
제목인 무간도는 불교에서 말하는 가장 심한 지옥인데 이 영화의 제목이 무간도인 건 아마도 유건명이 무간도에 갈 놈이란 의미 같다.
경찰과 한침(증지위)은 서로 자기의 조직에 스파이가 있다는 걸 알고 찾아내려 한다. 양쪽의 스파이 모두 위기상황이지만 진영인이 더욱 위태로운 상황. 왜냐하면 유건명은 어느 정도 경찰에서 위치도 있고 다양한 정보에 접근이 가능하며 첨단기기를 다룰 수 있는 환경이기 때문이다. 더군다나 진영인이 경찰이라는 사실을 아는 사람은 경찰에 단 두 명인데 한 명인 경찰학교교장?은 초반에 죽고 이제 황국장(황추생)만 알고 있는 상황이다. 게다가 유건명이 감찰부로 이동하고 스파이를 찾기 위해 한침이 유건명에게 조직원들의 개인정보를 건네주어 경찰정보를 조회하도록 하면서 진영인은 더욱 위험한 상황이 된다. 그리고 결국 유건명이 건네준 정보로 인해 황국장이 죽으면서 진영인이 경찰이라는 걸 증명해 줄 사람이 모두 사라지게 된다. 이때 진영인이 받은 쇼크는 상당했을 것이다.
반면, 양쪽 스파이의 배신 가능성은 경찰에 투입된 스파이쪽이 더 큰데 왜냐하면 경찰내에서 진급하면서 영향력이 커질수록 조폭에게 굽실댈 이유가 적어지기 때문이다. 마침, 황국장이 살해된 사건이 유건명에게 이런 상황을 초래한 것 같다. 그래서 경찰 감찰부 유반장은 조폭의 끄나풀 대신 경찰 간부로서의 삶을 선택하고 한침을 죽여 경찰에서 영웅이 된다. 하지만 그의 미래에 절대적인 위기가 닥쳐오니 그것은 바로 진영인이 유반장의 정체를 눈치챈 것이었다. 사실 이 사건은 둘 다에게 위기를 가져온다. 유반장은 일단 진영인의 비밀파일을 삭제한다. 하지만 그가 진영인을 죽일 생각을 가졌는지는 미지수. 반면 유반장보다 더욱 안 좋은 상황에 처하게 된 진영인은 한침이 유반장의 대화내용을 녹음했던 파일을 무기로 유반장을 잡는데는 성공하지만 의외의 변수인 경찰 내 또 다른 한침의 부하에 의해 죽음을 맞는다. 그리고 유반장이 그 경찰을 죽여서 진실은 묻힌 채 6개월 후 진영인은 경찰임이 확인되어 경찰묘지에 묻히는 선에서 결말. 안타깝지만 권선징악 결말은 아님.
잠깐 나온 진영인의 옛 여자가 딸의 나이를 거짓말한 것은 아마도 그 애가 진영인의 아이라는 의미같다. 2편의 과거 장면에서 아이를 낙태했다고 말한 그 여자인 듯.
